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一、炭疽病
苦瓜炭疽病屬真菌性病害，從苗期到生長后期都會發生，特別是在高溫多雨的6月～9月發生嚴重。苦瓜的葉、蔓和果實都會感染病害。葉上的病斑初呈黃白色，圓形或不規則形，以后變成褐色或黑色的干型病斑，往往有同心輪紋，容易干枯裂開，病斑增多后葉片枯萎。蔓上的病斑呈長圓形，稍凹陷，初呈水漬狀淡黃色，后變深褐色。病斑若繼續擴展到圍繞莖蔓一周，便使莖蔓枯萎。果實感染病害后，先在表面產生白色圓形凹斑，似針頭大小，后擴大變成暗褐色，最后變黑褐色著生黑色小粒。病斑不深入果肉，中央常裂開，在潮濕情況下分泌粉紅色粘狀物。幼嫩果病害較少，其感病性隨著果實的成長而增加，成熟果較容易染病。
有效防治苦瓜炭疽病的措施有：
1．選種及種子消毒。留種時應從無病果中選取種子，減少種子帶菌。種植前先將種子放入52℃～56℃的溫水中浸種25分鐘～30分鐘，能收到較好的殺菌效果。
2．注意選地，高畦深溝。高溫多濕是炭疽病發生的有利條件，因此栽培苦瓜應選擇地勢較高的田塊。要高畦深溝，并注意排水，適當密植，疏剪老葉和病葉，使之通風透光，改變田間小氣候，降低田間濕度。并且要合理施肥，使植株生長健壯，增強抗病力。
3．藥劑防治。苦瓜在幼果期和高溫多雨天氣容易發病，要連續噴藥防病，每隔7天～10天噴1次50％多菌靈500倍～600倍藥液，或用75％百菌清可濕性粉劑600倍～800倍液，或用1∶15∶150波爾多液進行防治。
二、白粉病
苦瓜白粉病屬真菌性病害，發生在植株的葉、葉柄和莖上。病斑初為黃點，以后擴大為白色粉斑，后互相連接整個葉面，終至全葉發病布滿白粉，以后病斑顏色變成灰白色或灰色，最后生成黑色小粒。葉片感染病害，變黃變弱，容易枯死。
誘發白粉病的重要因素是濕度和溫度。春秋兩季當溫度在16℃～24℃，多雨高濕的環境條件下時，此病最易盛發流行。在高溫干燥天氣，能抑制病原菌的發育，此病會輕微發生。在旱季，如果晚上有充足的露水，此病仍能嚴重為害。防治白粉病的方法：首先實行輪作，不要和葫蘆科蔬菜連種。適當施用氮肥，若氮肥過多，枝葉茂盛陰蔽，通風濕度大，容易發病。其次要降低田間濕度。雨天注意清溝排水，防止漬水，適當疏剪過密老葉，使之通風透光良好。再則要及時施用藥劑防治。病害初發生時，及時噴施50％膠體硫100倍～150倍液，或75％百菌清600倍～800倍液，或50％多菌靈500倍～600倍液，每隔5天～7天噴1次，連續2次～3次。
三、枯萎病
此病為真菌性病害，主要發生在主蔓莖節部。感病后初時發生水燙癥狀，病部很快向上下兩頭的節間擴展。以后舊病部變褐腐爛收縮，患部以上莖葉失水下垂枯萎。此病也能在地面根頸部位發生，染病后初時也呈現水燙癥狀，隨后病部變褐腐爛收縮，地上部植株失水枯萎。此病應采用科學栽培與藥物防治相結合的方法，才能收到較好的效果。
1．土壤處理。整地時把土壤翻曬3天～5天，讓土壤充分曬白風化，再畝施石灰50公斤～75公斤，中和土壤酸性和抑制病菌生長。
2．高畦深溝防止積水。高溫多濕容易發生枯萎病，采用高畦深溝種植法，降低地下水位，防止雨后積水，使畦面土壤通風，可減少病害。
3．剪疏莖部葉片。病害開始發生時，剪疏莖部葉片，使田間植株、畦面通風排濕，能抑制病菌的發育和傳播，可減輕病害發生。
4．藥劑防治。病害開始發生時，速將病株拔除，同時噴75％百菌清500倍～800倍液，或用50％多菌靈500倍～600倍液，或用70％敵克松原粉500倍～800倍液。每隔7天～10天噴1次，連續3次～4次。要注意把藥液噴布在植株下半段的莖蔓上，才能收到較好的效果。