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1、新植蔗防治
(1)更換良種，選育抗病品種。如粵糖57/423、粵糖63/237、新臺16號、新臺糖25號等。
(2)種植時應進行嚴格種苗消毒處理。種苗消毒用52℃熱水浸種18～30分鐘，加入25％三唑酮可濕性粉劑或80％噴克可濕性粉劑500倍液效果更好。也可用1：100的43％福爾馬林液浸種5分鐘，然后用薄膜覆蓋悶種2小時。或70％代森錳鋅可濕性粉劑1：500倍浸種5～7分鐘。也可用3％石灰水浸種24小時。
(3)留梢頭秧作種苗(生長點下一公尺，蔗葉包裹著的部份)。一般種秋植蔗，秧苞可整株作種苗，種春植蔗秧苞，必須選梢頭秧作種苗。
(4)實行脫毒處理，建立良種繁殖基地。
(5)有條件的進行輪作。最好是水、旱輪作，與水稻、玉米、甘薯、花生等作物輪作。
2、宿根蔗防治
(1)留宿根的應低砍，最好留從土壤中生長出的低位芽，嚴禁留高位芽，以減少黑穗病病菌感染。
(2)上茬甘蔗收獲后，及時燒毀蔗葉，減少病菌孢子寄生和傳播。
(3)發現病株，及時鏟除，并集中燒毀。最好是在抽出黑穗前拔除病株。抽出黑鞭的要小心剪下放在塑料袋內，帶出田外集中燒毀。病田不留宿根，病株殘茬也要燒毀。
(4)及時進行中耕管理，做到早松蔸、早放水，早追肥，早除草和早培土，使其生長健壯，增強植株自身的抗病力。