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1.嚴格控制水分
玉米種子收獲初期，含水量較高，經過一段時間的自然風干或機械烘干，使種子含水量逐漸地降下來。但在寒冷的天氣到來之前，含水量必須降到種子所要求的安全水分，也就是含水量必須降到14%以下，種子才能夠安全過冬。如含水量過高，種子內部各種酶類就要進行新陳代謝，呼吸能力就要加強，遇到過低的低溫時，種子就要受到凍害，部分或全部喪失發芽能力，第二年播種到田間就會出現出苗不全或完全不出苗。
2.注意提高種子質量
如種子中含有較多的不成熟或破碎的種子，以及其它大量的塵土雜質等，都會給種子安全貯藏帶來不良后果，在貯藏中一定要注意保持種子的純度和凈度。
3.嚴格控制溫度
如果玉米種子含水量在14%以上，就要把種子保存在零度以上的環境里，一直到來年播種，溫度都不得低于零度。低于零度種子就可能受到凍害，喪失發芽能力或發芽能力降低。
4.保持通風良好，達到上不漏、下不潮
玉米種子具有明顯的吸潮性，即使是干燥的種子，遇到雨淋、雪的覆蓋或煙氣的熏蒸，都會出現反潮現象，也會降低玉米種子的發芽率。所以不要就地堆放，必須墊底防潮，要把裝有種子的麻袋或其它容器用木料或磚墊離地面50cm以上，室內要保持干燥通風良好，即使種子經常處在干燥的狀態中，也要經常進行人工通風。室外存放的種子，要用遮蓋將頂部蓋嚴，防止雪蓋。
5.嚴禁用塑料袋裝種子
因為塑料袋不透氣，會使種子和空氣隔絕，種子不能進行呼吸作用，同時，種子呼出的二氧化碳也無法排出，時間長了，袋子里的二氧化碳積累過多，造成二氧化碳中毒；另外，種子本身的水分和呼吸作用所產生的熱量散發不出去，造成種子發熱霉變。
6.不要將種子與農藥、氮素化肥混放
有些農藥對種子是有毒害作用的，種子和農藥長期放在一起不但影響種子發芽率，也可使玉米種子發生生理變化，下年種出的雜交種還可能出現不正常現象，氮素化肥屬銨態氮，具有揮發性，揮發出來的氨氣有很強的腐蝕作用。氨濃度較高時，會殺死種胚，使種子喪失生命力
7.種子貯藏期間要定期檢查
根據不同季節，對保存方法、含水量、溫度、發芽率等情況進行定期檢查，重點檢查3個方面：一是檢查種子是否受潮濕；二是檢查種子是否被蟲蛀、鼠咬；三是定期檢查種子的發芽率和發芽勢。