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杏鮑菇子實體發育階段的管理是取得高產、穩產、優質的關鍵。菌絲長滿袋后，移入經消毒處理的栽培室內，進行原基形成和分化管理。保持空氣相對濕度90％～95％左右，每天通風1～2次，給予弱的散射光，并降低溫度，以刺激原基的形成，一般在10～15天內，可形成原基。種植者可根據自己的實際情況和種植季節，適當調節和控制各環境因素，如外界溫度高，可在夜晚通風，白天蓋簾保溫，避免外界高溫的侵襲等。子實體生長階段要比原基形成階段增加光照和通風量，隨著子實體的不斷增大，逐漸降低空氣相對濕度，使空氣相對濕度控制在85％左右，這樣即利于子實體的生長避免霉爛變質，又利于延長杏鮑菇的貨架壽命。與原基形成期相比，子實體生長期內，可適當提升溫度，若溫度低于7℃時，子實體生長非常緩慢直至停止生長；超過20℃時，菇蕾萎縮死亡。在日常管理中，氣溫升高時，可噴水降溫，但盡量不要直接噴在子實體上，造成子實體變黃或細菌感染，甚至腐爛。
杏鮑菇的產量多集中在第一潮菇上，占整個產出的85％左右，而且第一潮的管理優劣會影響第二潮菇的產量和品質，因此，搞好頭潮菇的管理是非常重要的。