根據國外有關資料顯示，鱷魚病害的種類很多，但主要有以下幾種：

1.鱷魚的細菌性疾病。

如氣單胞菌屬、沙門氏菌、分枝桿菌、枸櫞酸菌和其它革蘭氏陰性菌等引起的細菌性疾病。

2.病毒性疾病。

如痘病毒樣病毒病、皰疹病毒病和傳染性肝炎等病毒性疾病。

3.真菌病（膚霉病等）。

由于鱷魚長期生活在有水的環境中，因而當養殖水體或其它場所消毒不嚴時，常使水中有多種細菌或真菌滋生，致使鱷魚感染疾病。本病是由水霉、綿霉和腐霉科中的腐霉寄生于鱷所引起的一種真菌性皮膚病。

4.寄生蟲病。

如球蟲病、舌形蟲病、蠕蟲病、蛭病等，這是由于寄生蟲寄生于魚體中產生的疾病。

5.痛風癥。

由于投喂飼料蛋白質過量，機體對蛋白質的消化吸收障礙，引起尿酸鹽在體內沉積而發生的疾病叫痛風癥，這是由于給鱷魚投喂含有氨基酸的高蛋白質飼料過多，如動物心臟、肝臟、胰臟等內臟食物過多而引起。因為投喂的蛋白質超過了動物利用消化吸收制造氨基酸的能力和合成自身蛋白質的需要而導致過量的不溶性的排泄物、銨鹽和尿酸鹽沉積。

6.與營養物質缺乏相關的疾病。

如營養缺乏綜合癥、維生素A缺乏癥、維生素E缺乏癥、維生素D缺乏癥、維生素K缺乏癥、維生素B，缺乏癥、骨軟癥等。

7.消化不良癥。

其病因是投喂了冰凍的飼料或腐敗變質的飼料;或因溫度過低，致使胃腸功能紊亂;或冬眠后蘇醒不久的鱷，胃腸功能差等原因引起。

8.鱷魚異物性胃炎。

誤吞入各種異物，如小石塊、塑膠制品、樹葉、木條等;在剖檢時常可發現的異物有塑膠制品、金屬、木條等，這些異物引起幽門阻塞，胃壁損傷而發生炎癥，治療時宜通胃腸，消炎。

9.凍傷。

由于鱷的體溫高低隨外界氣候溫度的變化而變化，當溫度下降到鱷不能承受的臨界溫度以下時，就會發生凍傷。溫度越低，越潮濕，受凍時間越長，造成的凍傷也越嚴重，若不及時發現并采取相應措施，最后會被凍死以及繼發感染性疾病死亡。

10.外傷和環境性疾病

外傷：主要見于鱷相互爭斗而造成的身體局部損傷。交配和采食時會發生爭斗，分隔開喂食，減少種群所允許的動物數量，能很好的避免同一群鱷魚間的爭斗。

環境性疾病：如環境適應不良綜合癥，即鱷魚不能適應人工飼養環境。表現為嗜睡、厭食，最后導致死亡。增加環境溫度可以增加食欲，增加陽光照射也能增加食欲。