在自然界中，水獺沒有固定的繁殖季節，一年四季都有交尾。水獺一般在春夏季繁殖，產在南方的水獺一年可繁殖2次。發情的公母水獺大聲嘶叫追逐，互相咬被毛，情緒十分不安，食欲下降。母獺陰門紅腫，發情的持續期一般為半個月至1個月。交配的地點是在水中，交配的時間多在夜間或清晨進行。交配1次約5－10分鐘，交配時公獺咬著母獺的頭部，在水里游動或翻滾。每只雄水獺可與9只雌水獺交配，交配時不讓人接近，以免影響其繁殖。母水獺受孕后雌雄分開飼養，懷孕初期食欲有所下降，懷孕1個月以后食量增加，腹部膨大，運動量應逐漸減少。母獺受孕后的妊娠期一般為55－57天。母水獺臨產前性情兇猛，常伏在窩里不出來。這時要備好產仔箱，箱里放上一些柔軟的干草，以備母獺絮窩需要。母獺產仔期根據地區的不同而有差異，如我國北方的母獺受孕后一般春夏季產仔，每胎產仔2－4只，生下的仔獺哺乳3個月后便能獨立生活。許多獵人認為，幼水獺多在春夏季發情。一年可繁殖兩胎，通常一胎2仔。少見一胎1仔或3仔。在人工飼養條件下，在一周歲以上才可繁殖。發情時間依產地而不同。在北方，每年2-4月份發情；云南水獺每年可發情2次，在3-5月份和9-11月上旬，發情持續15-30天。

交配多在水中，于清晨或傍晚進行。交配前，公、母水獺在水中追逐嬉戲，并發出”吱吱”聲和斷斷續續的尖銳哨聲，然后母水獺頭部平伏水面，后軀稍稍下沉，公水獺迅速爬上母水獺背部，銜住其頭部，在游動中完成交配。交配時間5-10分鐘。最長不超過30分鐘，當氣候在-12℃-6℃時，也可在陸地上交配。