主要原因是，土壤中有益菌減少，有害菌增多，影響了百香果的正常生長。如在種植期間增施生物有機肥，就能增加土壤中的有益菌，抑制有害菌，并分解土壤中的有毒有害物質，進而減少爛根、爛莖和死苗現象的發生。

種植時，要施生物有機肥作基肥。一般每株施生物有機肥50～100克，并與其他基肥如氮磷鉀完全肥、漚制腐熟人畜禽糞等充分攪拌均勻后，再與挖種植穴時挖起的泥土充分攪拌混合，回填種植穴后再種植苗木。

在百香果生長過程中，特別是開花結果后，應每月根部施一次生物有機肥，每次每株施150～200克，均勻撒施在植株根部周圍的土壤中，再培上一層厚約8～10厘米的泥土，將生物有機肥全部覆蓋住。也可每次每株淋施250～300倍液體生物有機肥水溶液2～3公斤，均勻淋施在植株根部周圍的土壤中，以肥液完全滲透入泥土中不往外流為宜。

另外，在每年冬末春初對百香果進行更新修剪后，要重施一次生物有機肥，每株施150～200克，并與其他肥料如磷鉀肥、漚制腐熟人畜禽糞、氮磷鉀完全肥等充分攪拌均勻后，在離植株60～80厘米的地方，圍繞植株挖深、寬各30～40厘米的環狀深溝，把肥料均勻撒施在環狀深溝內并蓋土，將肥料全部覆蓋住。