果實受害往往從蒂部開始，病斑初為針頭狀大小的褐色小點，以后逐漸擴大為圓形、中央深褐色、周圍灰褐色呈水漬狀的大病斑。最后果實的大部分變為褐色腐爛，果肉變質味苦，無食用價值。病部密生白色粘質物，為病菌的分生孢子團。

 菠蘿蜜蒂腐病是屬于真菌性病害，其病原為可可球二孢菌，分生孢子初為無色單胞，后為褐色雙胞，表面具縱紋，卵圓形至橢圓形，菠蘿蜜蒂腐病菌是一種寄生性較弱的真菌。

 該病菌是以菌絲體和分生孢子器在病枝及病果上越冬。第二年春，氣候條件適宜時，長出大量的分生孢子作為初次侵染來源，侵染菠蘿蜜的幼果。由于幼果的抗病性較強，故病菌侵入后潛伏在果內，待果實開始成熟時，抗病性較低時便陸續出現癥狀。此外，病菌還從傷口侵入，掛果期間受臺風侵襲或蟲害所造成的果面受傷，都是病菌的侵入的重要途徑。防治此病的關鍵措施是要在幼果期噴藥保護，尤其臺風雨過后要特別加強噴藥保護。主要藥劑有：70％甲基托布津可濕性粉劑800倍液，40％氧氯化銅懸浮劑500倍液，75％百菌清可濕性粉劑800倍液，1％波爾多液。

其次，在生產管理采收時要盡量減少果實受傷，在貯藏運輸時，最好用紙進行單果包裝，以避免菠蘿蜜病果相互接觸，增加傳染。