鱷龜卵無論在自然環境還是在人工條件下，通常都已將卵埋在含水量適中的砂土中進行。黃砂既可以保持溫度穩定，其空隙間形成的水珠又是氣體交換的媒介。沒有這種不易察覺的生態環境，鱷龜胚胎的發育和氣體交換就受到阻礙。因此鱷龜卵的胚胎發育需要3個最主要的生態因子：溫度、濕度和通氣條件。只要這三個因子符合要求，輔以其他技術問題處理得當，鱷龜胚胎的孵化率通常可達90％以上。

1．溫度研究表明，鱷龜胚胎發育最低溫度為22℃，最高為36℃，低于22℃，胚胎發育停止，至15℃以下，胚胎死亡；而高于36℃，孵化率明顯下降；達到37℃以上，只要幾個小時，即可導致胚胎死亡。鱷龜卵孵化的最適溫度為30-33℃，在此溫度條件下，僅需45-50天即可完成胚胎發育過程，而且其胚胎發育良好，孵化率高。其孵化的累積積溫為36000℃時。研究還表明，在22-36℃這段胚胎發育適溫范圍內，溫度每升高1℃均能顯著加快胚胎的發育過程。但超過33℃后，雖然胚胎發育有加快趨勢，但孵化率則有所下降。如溫度35℃，孵化率為70%，在氣溫37℃孵化，由于卵內蛋白失水極快，容易在卵殼與卵膜之間形成空隙，在這種情況下，胚胎由于干燥而死亡。許多研究都認為孵化溫度應當控制在30-33℃，孵化期45-50天較合理的。

2．濕度是指卵孵化用砂的含水量和空氣的相對濕度兩部分，其中尤以前者最為主要。研究表明，鱷龜卵對抵抗低濕度的能力較強，而抗高濕度的能力較弱。也就是說，在一定濕度范圍內鱷龜卵怕濕不怕干。當黃砂含水量為1.07%時，孵化率為60%，而含水量為27％時，孵化率為。因此在孵化過程中要嚴防砂床過于干燥和漬水。在孵化過程中，合適的濕度一方面可以有效地控制受精卵水分的蒸發，同時也起著調節溫度的作用。鱷龜卵胚胎的發育必須與外界進行氣體交換，砂床中砂粒空隙的水珠則起著中間媒介作用，胚胎通過卵殼的卵孔排出二氧化碳，經砂床砂粒的水珠溶解，攜帶而蒸發出去。但如砂床潰水過多，通氣條件差，胚胎必然被窒息死亡。通常鱷龜胚胎發育要求砂床的最佳含水量為7%-8%，即能將砂“捏之成團，落地散開”為適度。而空氣中的相對濕度主要是為了保持孵化用砂的濕度穩定。在孵化過程中空氣的相對濕度保持在80％-85％為最佳。早期可稍低，晚期應稍高。

3．通氣清況目前鱷龜卵孵化都是將受精卵埋在砂中，因此合適的砂粒既可保濕又可通氣，是良好的孵化介質。但如砂粒太粗（粒徑在1毫米以上），雖然通氣性好，但保水性能差，不能長期保持砂子適當的濕度；如砂粒太細（粒徑0.1毫米以下），雖然保水性能好，但通氣性差，砂床容易板結。故孵化用砂以粒徑0.5-0.6毫米為佳。孵化用砂的溫度、濕度和通氣因素對于鱷龜的胚胎發育關系極為密切，它們是相互制約的。如當砂床溫度達35℃時，胚胎發育速度加快，呼吸加劇，需氧量相對增多，要求通氣條件良好。此時由于高溫水分易蒸發，砂床濕度容易下降，如果大量灑水會使砂床濕度突然增大，通氣條件受到影響造成胚胎因窒息而死亡。因此在高溫時切忌灑水過多（只需靠近卵的沙粒略帶潮濕即可），以免影響胚胎呼吸。